巴彦淖尔市疾病预防控制中心是实施疾病预防控制与公共卫生技术管理及服务的公益性全额拨款事业单位，于2006年在原市卫生防疫站的基础上调整成立，组建后的市疾控中心是全市唯一的集传染病、地方病、职业病、慢性病防治和健康教育为一体的综合性疾病预防控制机构，是全市疾病预防控制业务指导中心，同时也是内蒙古医学院、包头医学院、河套大学医学院的教学实习基地。中心现拥有干部职工130人，其中研究生3名，本科生41名，专科生22名;正高职称5名，副高职称12名，中级职称35名。中心内设有流病科﹑地病科﹑计划免疫科﹑生供科、职业病防治科﹑消杀科﹑鼠防科﹑公共卫生监测科﹑慢性病防治科﹑虫媒科、理化检验科，微生物检验科﹑健教所、预防门诊部等14个业务科室和办公室、人事科、总务科、质控科等4个行政科室。承担着全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、传染病疫情报告与健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制、实验室检测与评价、健康教育与健康促进、技术指导与应用研究七项公共职能、25项职能类别、78项服务内容、255个具体项目。